Ama bunun miktarı az ve süresi kısadır. Yemek borusu bunu kasılarak mideye atar ve kendini temizler. Ancak buradaki KÖS in çalışmasını bozacak yapısal neden yada fonksiyonu bozacak bir ilaç, besin vs kullanımı varsa temizleme uzun yada yetersiz olur. Süre uzun olursa reflü içeriği yemek borusunun ilk başlangıç kısma (orafarenks) ve üst solunum yoluna oradan da gırtlak ve bronşlara kadar gider. Bu gidiş esnasında asit ve sindirici enzim içeren reflü içeriği önce yemek borusunun son derece zayıf, dirençsiz olan yüzeyini (mukozasını) dejenere eder. Yüzey (mukoza) harap olunca altındaki sinir uçları açığa çıkar ve bu da midenin hemen üstünde yanma vb bulgulara neden olur. Komşu organ olan kalp önünde de yanma olabilir ve bu kalp ağırısı ile karşabilir. Tam mide çıkışı yanai dışarıdan KÖS e uyan yerde en çok dejenerasyon ve yangı görülür. Bu yangı nedeniyle lan şişlik KÖS ün kapanmasını daha bozar. Bu yangı uzun sürerse bu önemli noktavi bölge (KÖS) daha yukarı kaymasına neden olur. Bu KÖS ün kapanmasını daha da engeller. Daha yukarı bölgelere giden reflü içeriği hangi bölgede yangı oluşturusa orada bulgulara neden olur.
Ancak ilginçtir ki her reflü olan çocukda reflü içeriği aynı olsa da aynı yangısal değişiklikler görülmeyebilir. Hatta bir çocukda yemek borusunda yangı, diğer çocukda yutak ve bir diğer çocukda yalnızca bronşlarda olabilir. Bunun nedeni her çocuğun genetik yapıdaki farklılıktan dolayı yemek borusu ve yemek borusuna olan kaçağın etkileyeceği yüzeylerin (boğaz, gırtlak, bronş…) direnci ve duyarlılığındaki değişik özellikleridir. Bu nedenle her çocuğun reflüye ait klinik bulguları farklılık gösterebilir. Hatta reflü olmasına rağmen bulgular yani hastalık tabi “reflü hastalığı” olmayabilir.