Özellikle mikroenjeksiyonun yeterli hayvan deneyi olmadan insan üzerinde uygulanması bu konudaki tartışmaların daha yoğun olmasına neden olmuştur. Genel olarak tüp bebek uygulamasının riskleri uygulamaya bağlı ve çocuk sahibi olmama nedenlerine bağlı potansiyel riskler olarak iki grupta incelenebilir:

1. Uygulamaya Bağlı Potansiyel Riskler:
   1. Ovarian Hiperstimülasyon Sendromu: Tüp bebek uygulamaları sırasında yumurtalıkların uyarılması için verilen ilaçlar bazen yumurtalıkların çok aşırı uyarılmasına ve sonuç olarak hiperstimülasyon adı verilen tabloya neden olabilir. Genel olarak tüp bebek uygulaması sırasında hastaların % 0.1-0.2’sinde bu tablo görülebilmektedir. Özellikle polikistik over sendromu olan, zayıf ve genç hastalarda bu risk daha yüksektir. Hafif formunda sadece yumurtalıklarda büyüme gözlenirken, şiddetli formunda kanda pıhtılaşma olması ve bunun akciğerlere atması gibi ciddi klinik tablolar görülebilmektedir.
   2. Yumurtalık Kanseri: Hastaların en çok merak ettikleri konuların başında bu ilaçların ileride kansere yol açıp açmadığıdır. Aslında yumurtalık kanserinin oluşum mekanizması gözönünde bulundurulduğunda teorik olarak kullanılan ilaçların kanser riskini artırabileceği düşünülebilir. 1992 yılında yayınlanan bir yazıda kullanılan ilaçların kanser riskini artırdığı öne sürülmüş ve bu konuda büyük bir sansasyona neden olmuştur. Ancak daha sonra yayınlanan bir çok çalışmada böyle bir risk artışı olmadığı görülmüştür. Bu grup hastalarda kanser riskindeki artışın kullanılan ilaçlara değil, çocuk olmamasına neden olan faktörlere ve çocuk doğurmamaya bağlı olduğu düşünülmektedir.
   3. Meme Kanseri: Yine tedavi sırasında artan hormon düzeylerinin meme kanseri riskini artırabileceği düşünülmüş, ancak böyle bir ilişki ortaya konamamıştır.
   4. Yumurta Toplanması İşlemine Bağlı Riskler: Tüp bebek uygulaması aşamalarından birisi olan yumurta toplama sırasında bir iğne ile genellikle vajinal, nadiren laparoskopik olarak yumurtalıkların içerisine girilerek yumurtalıklar toplanmaktadır. Bu yapılan işlem sırasında kanama ve % 0.03-0.3 oranında enfeksiyon görülebilir.
   5. Mikroenjeksiyon işlemi sırasında yumurtalığın içerisine yabancı bir madde geçişi olabilir ve oluşabilecek embryonun genetik yapısını bozabilir. Ayrıca kültür ortamındaki maddeler de yumurtaların içerisine girebilir. Mikroenjeksiyon sırasında yumurtalarda zedelenme görülebilir.
   6. Normalde mitokondrial DNA sadece anneden bebeğe geçmekte ve babadan gelen DNA döllenme işlemi sırasında yokolmaktadır. Ancak mikroenjeksiyon uygulamasında teorik olarak babadan da mitokondrial DNA geçişi olabilir ve bu da klinik olarak doğan bebeklerin erken yaşlanmasına neden olabilir.
2. Çocuk Olmamasına Neden Olan Faktörlere Bağlı Riskler

Çocuk sahibi olamama nedenlerinin % 40-50’sini erkeğe bağlı faktörler oluşturmaktadır. Sperm sayı, hareket ve şeklinde bozukluk olan hastalarda bu bozukluğun şiddetine bağlı olarak artan oranlarda kromozom bozuklukları veya kromozomal olmayan bazı bozukluklar daha sık görülmekte ve bunlarında potansiyel olarak bebeğe geçebileceği düşünülmektedir. Yapılan çalışmalarda sperm parametreleri normal olmayan hastalarda kromozom bozuklukları, Y-kromozomunda eksiklikler, doğuştan tıkanıklığa bağlı hiç spermi olmayan grupta kistik fibrozise yol açan gen mutasyonu ve erkeklik hormonunun etkisine direnç gibi bazı bozuklukların daha sık görüldüğü ve bunları potansiyel olarak bebeğe geçebileceği düşünülmüştür. Bunların sonucunda bebeklerde kistik fibrozis, kromozomal anomali ve doğacak erkek çocuklarında da kısırlık olabileceği düşünülebilir.

Mikroenjeksiyon Uygulamasının Sonuçları:

Yukarıda belirttiğimiz teorik riskler mikroenjeksiyon uygulanacak çiftlerde bir stresse neden olabilir. 1992 yılından beri uygulanan mikroenjeksiyon işlemi sonucunda oluşan gebeliklerde bu teorik risklere ne ölçüde rastlanmaktadır:

1. Doğum Sonuçları: Bugüne kadar yayınlanan vaka serilerinde genel olarak mikroenjeksiyon bebeklerinde doğum kilosunun daha düşük olduğu görülmüştür.
2. Kromozomal Bozukluklar: Daha önce de sözettiğimiz gibi sperm sayı, hareket ve şekil bozukluğu olan erkeklerde bazı kromozom bozuklukları daha sık görülmekte ve bu bozuklukların bebeğe de geçebileceği düşünülmektedir. Bugüne kadar yayınlanan serilerde mikroenjeksiyon yöntemi sonrası oluşan gebeliklerde özellikle sex kromozomu bozukluklarının daha sık olduğu görülmüştür. Bu konuda yayınlanan yazılar total olarak değerlendirildiğinde bu bebeklerde kromozom bozukluklarına daha sık rastlandığı ortaya çıkmaktadır. Bu bozukluklar uygulanan yönteme değil, sperm bozukuluklarına yol açan nedenlerin bebeğe de geçmesine bağlanmaktadır. Ancak kromozom bozukluklarının oranı normale göre daha yüksek olmakla birlikte endişe verici boyutlarda değildir.
3. Doğuştan Gelen Anomaliler: Bazı yayınlarda mikroenjeksiyon sonrası doğan bebeklerde doğuştan anomalilerin daha sık görüldüğü belirtilmekle birlikte, yayınların büyük bir bölümünde doğuştan anomalilerde normal toplumla karşılaştırıldığında bir fark bulunamamıştır. Mikroenjeksiyona alınan hastalar genel olarak daha ileri yaş grubunda oldukları için zaten anomali oranında hafif bir artış beklenmektedir. Ancak bu artış anlamlı boyutlara ulaşmamaktadır.

Sonuç olarak mikroenjeksiyon uygulaması sonrası doğan bebeklerde doğum kilosunda daha az olabilmekte, sex-kromozomu bozukluklarında hafif bir artış görülebilmekte ve doğumsal anomalilerde önemli bir farklılık izlenmemektedir. Çocukların doğum sonrası gelişimleri konusunda birçok yayın bulunmasına karsın bu konuda kesin bir yargıya varmak için henüz erken olduğu ve zamana gereksinim olduğu belirtilmektedir.